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LE LABORATOIRE · REPÈRES PRATIQUES

Choisir un outil, garder sa méthode

Un outil intervient à une étape d’un travail de recherche. Il aide à repérer, conserver, examiner, rédiger, analyser ou publier. Ces huit fiches présentent des usages possibles et leurs limites documentées, sans classement des « meilleurs » ni résultat d’essai inventé.

8 fiches documentairesSources consultées le Essais pratiques à conduire

01 · Repérer

OpenAlex

Explorer des travaux et leurs relations bibliographiques

Documenté, non testéDocumentation consultée le

Ce que l’outil permet

OpenAlex relie des notices de travaux, auteurs, sources et institutions. Son interface et son API peuvent aider à élargir une recherche, repérer des liens de citation ou documenter un corpus. Un résultat est une notice bibliographique, pas une lecture critique de l’étude.

Dans quelles conditions l’utiliser

Définir la question et consigner la requête, la date et les filtres. Sur un petit échantillon connu du domaine, comparer ce qui est trouvé et ce qui manque avec une autre base pertinente. Vérifier les DOI, les auteurs et les affiliations dans les sources d’origine avant de les reprendre.

Limites et données

La couverture et les métadonnées ne sont pas uniformes selon disciplines et langues. Le recours à l’interface transmet la recherche au service ; l’API et un instantané téléchargeable ouvrent d’autres modes de travail, mais l’instantané complet est volumineux et demande des ressources adaptées. Aucun test comparatif de couverture ou de confidentialité n’a été réalisé ici.

Sortie et sources

La documentation présente une API et des instantanés de données. La possibilité de reconstruire un corpus dépend de la requête conservée et de la version des données. API OpenAlex · Instantané OpenAlex · Étude de Borrego et Urbano sur les limites des métadonnées, 2025.

Consulter le site officiel de OpenAlex

02 · Repérer

PubMed

Chercher la littérature biomédicale avec une stratégie explicite

Documenté, non testéDocumentation consultée le

Ce que l’outil permet

PubMed, maintenu par la National Library of Medicine, permet de chercher des références en biomédecine et sciences de la vie. Une partie provient de MEDLINE avec indexation MeSH. PubMed donne des notices et des résumés ; il renvoie parfois vers le texte intégral, mais ne le contient pas systématiquement.

Dans quelles conditions l’utiliser

Partir de concepts et de synonymes, examiner les termes MeSH pertinents, enregistrer la stratégie et la date de recherche. Pour une revue systématique, consulter le protocole disciplinaire et compléter si nécessaire par d’autres bases et sources. Une liste de résultats ne représente pas seule la totalité de la littérature.

Limites et données

Le périmètre est principalement biomédical. Une recherche saisie dans l’interface est envoyée à la NLM ; ne pas y saisir de données personnelles ou confidentielles sans cadre adapté. Nous n’avons pas mesuré le rappel ou la précision des recherches.

Sortie et sources

Conserver l’équation et exporter les notices pertinentes selon les formats proposés par l’interface, puis dédoublonner dans le gestionnaire bibliographique. NLM, About PubMed · PRISMA-S, rapporter la stratégie de recherche.

Consulter le site officiel de PubMed

03 · Conserver

Zotero

Garder les sources, annotations et citations exploitables

Documenté, non testéDocumentation consultée le

Ce que l’outil permet

Zotero organise des références, fichiers et notes, puis insère citations et bibliographies dans des documents. Le logiciel conserve les données localement par défaut ; la synchronisation est une fonction distincte à configurer. Il aide à gérer des sources, sans vérifier automatiquement la qualité d’une étude.

Dans quelles conditions l’utiliser

Définir des collections par projet, contrôler les métadonnées importées et garder des notes qui séparent citation, observation et interprétation. Sauvegarder le répertoire de travail selon la procédure documentée. Pour une équipe, décider avant le partage qui a accès aux références et aux pièces jointes.

Limites et données

La synchronisation des notices et celle des fichiers ont des mécanismes distincts ; les données synchronisées quittent l’appareil. Une importation automatique peut contenir des métadonnées erronées. Aucune évaluation de sécurité du service ou de ses extensions n’a été menée pour cette sélection.

Sortie et sources

Le guide prévoit des exports bibliographiques et le transfert de bibliothèque. Vérifier que notes et pièces jointes nécessaires figurent dans la sauvegarde choisie. Zotero, guide de démarrage · Zotero, synchronisation.

Consulter le site officiel de Zotero

04 · Examiner

Elicit

Préparer une exploration et extraire des éléments à contrôler

Documenté, non testéDocumentation consultée le

Ce que l’outil permet

Elicit propose une recherche de publications, un tri et une extraction assistés par IA. Il peut accélérer l’exploration initiale et produire des tableaux de travail. Les gains d’efficacité annoncés par l’éditeur sont des affirmations commerciales ; nous n’en déduisons aucune performance pour un domaine ou une équipe.

Dans quelles conditions l’utiliser

Conserver l’équation, le corpus retrouvé et les critères de sélection. Ouvrir chaque source importante, contrôler les passages cités et reprendre manuellement les données utilisées dans la conclusion. Pour une synthèse systématique, documenter aussi les bases interrogées hors de l’outil et les exclusions.

Limites et données

Le fabricant publie ses propres limites ; une réponse générée, un extrait ou une absence de résultat ne prouvent rien seuls. Les PDF envoyés sont traités sur un service externe, dont la politique et les droits de dépôt doivent être examinés. Nous n’avons pas envoyé de corpus ni mesuré la précision de l’extraction.

Sortie et sources

L’export dépend du type de résultat et, pour certains tableaux, de l’abonnement. Vérifier le plan applicable avant de bâtir un flux de travail. Elicit, limites · Elicit, données téléchargées · Elicit, export.

Consulter le site officiel de Elicit

05 · Examiner

ASReview LAB

Prioriser le tri d’un corpus déjà constitué

Documenté, non testéDocumentation consultée le

Ce que l’outil permet

ASReview LAB utilise l’apprentissage actif pour aider à trier des titres et résumés. La personne qui mène la revue étiquette des références, puis le modèle propose un ordre d’examen. L’outil travaille sur le corpus importé ; il ne découvre pas à lui seul toutes les publications pertinentes.

Dans quelles conditions l’utiliser

Conserver la stratégie de recherche, les critères d’inclusion, le corpus initial, les décisions et la règle d’arrêt. Évaluer le risque d’avoir écarté des références pertinentes avant de reprendre les résultats dans une synthèse. La pertinence d’un protocole dépend du domaine et des exigences de la revue.

Limites et données

Le tri priorisé n’est ni une vérification de la qualité des études ni une garantie de rappel. Une installation locale peut être envisagée, mais son déploiement et sa configuration ne sont pas audités ici. Le corpus et les décisions peuvent comporter des informations sous droits ou sensibles.

Sortie et sources

La documentation décrit l’export d’un projet avec jeu de données, historique, notes et configuration. Garder aussi les équations de recherche produites ailleurs. ASReview, présentation technique · ASReview, gestion et export du projet.

Consulter le site officiel de ASReview LAB

06 · Rédiger

Overleaf

Rédiger à plusieurs dans un projet LaTeX

Documenté, non testéDocumentation consultée le

Ce que l’outil permet

Overleaf fournit un éditeur LaTeX en ligne avec des options de collaboration. Il convient surtout aux équipes dont les documents reposent déjà sur LaTeX, des équations et une bibliographie structurée. Le recours à l’outil ne valide ni les résultats ni les citations d’un manuscrit.

Dans quelles conditions l’utiliser

Convenir d’un responsable des accès, distinguer brouillon partagé et publication, sauvegarder régulièrement les sources et vérifier la compilation hors du service si la réversibilité est importante. Les modalités de collaboration dépendent des fonctions disponibles sur le compte.

Limites et données

Les textes, sources et fichiers confiés à l’éditeur sont hébergés par un service tiers. Le partage par lien exige une attention particulière aux personnes qui peuvent le consulter. Aucune évaluation contractuelle ou de sécurité de votre configuration n’a été réalisée ici.

Sortie et sources

L’éditeur décrit le téléchargement des sources sous forme d’archive ZIP ; le PDF compilé se télécharge séparément. Contrôler que les dépendances, figures et bibliographies nécessaires sont bien incluses. Overleaf, partage de projet · Overleaf, téléchargement du projet.

Consulter le site officiel de Overleaf

07 · Analyser

JupyterLab

Relier données, code et commentaire dans une analyse

Documenté, non testéDocumentation consultée le

Ce que l’outil permet

JupyterLab donne accès à des carnets qui rassemblent code exécutable, explications, résultats et visualisations. Il peut rendre une analyse plus facile à relire si les données, les dépendances et les étapes sont également conservées. Un carnet seul ne garantit pas la reproductibilité.

Dans quelles conditions l’utiliser

Versionner le code et décrire l’environnement d’exécution, les données d’entrée, leurs droits et l’ordre des calculs. Effacer les secrets et sorties sensibles avant tout partage. Une revue humaine des choix statistiques et des résultats demeure nécessaire.

Limites et données

L’emplacement des données dépend de l’installation retenue, locale ou hébergée. Le fichier de carnet peut conserver des sorties avec informations sensibles et exécute du code ; ne pas ouvrir ni exécuter un carnet d’origine inconnue sans précautions. Aucune expérience de reproductibilité n’a été menée pour cette fiche.

Sortie et sources

Les carnets sont enregistrés au format .ipynb, mais leur réexécution exige aussi l’environnement et les données. Projet Jupyter, interfaces · Projet Jupyter, architecture du carnet.

Consulter le site officiel de JupyterLab

08 · Publier

Zenodo

Déposer une version citable d’un résultat partageable

Documenté, non testéDocumentation consultée le

Ce que l’outil permet

Zenodo reçoit des productions de recherche et peut leur attribuer un DOI lors de leur publication. Une version déposée sert de repère citable. Le dépôt ne prouve pas qu’un jeu de données a été validé ou que ses droits sont clairs.

Dans quelles conditions l’utiliser

Avant publication, inventorier les données personnelles, secrets, autorisations, licences, co-auteurs et conditions du financeur. Décrire la provenance, la méthode, les versions et les fichiers nécessaires à la réutilisation. Vérifier l’aperçu et les réglages d’accès avant de publier.

Limites et données

Selon la documentation du service, les fichiers d’un enregistrement publié ne peuvent plus être modifiés ; une nouvelle version et une correction documentée peuvent être nécessaires. Ne jamais déposer un matériau sensible pour simplement tester une fiche. Aucun dépôt n’a été effectué pour cette sélection.

Sortie et sources

Préparer localement les fichiers, métadonnées et licences, puis conserver une copie indépendante du dépôt. Zenodo, dépôt · Zenodo, DOI · Zenodo, immutabilité des fichiers publiés.

Consulter le site officiel de Zenodo

SUIVI ÉDITORIAL

Ce que nous vérifierons à chaque passage

Chaque mois, nous vérifierons les liens, les fonctions décrites et les changements annoncés par les éditeurs. Une modification substantielle sera consignée dans le journal des révisions, avec sa date ; chaque trimestre, nous réexaminerons la place et les limites des outils. Une date de consultation ancienne reste affichée tant qu’aucune vérification réelle n’a eu lieu. La présence de huit fiches aujourd’hui n’est pas la preuve que ce rythme a déjà été tenu.

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